Lyra, 12 ans, vit dans un monde parallèle, un monde où votre âme réside à vos côtés et peut prendre de nombreuses formes. Mais la tyrannie gouvernementale s'étend, et de nombreux enfants sont enlevés pour subir des expériences. Quand son meilleur ami Roger disparaît à son tour, Lyra jure d'aller le délivrer où qu'il soit..